마인크래프트는 기본적으로 오픈 월드 방식이며, 이는 플레이어들에게 플레이 하는 데에 있어서 많은 자유를 준다. 그리고 마인크래프트에는 게임플레이를 하는데 있어서 특별한 퀘스트가 딱히 없지만, 마인크래프트에는 달성과제 시스템이 있다. 이것은 꼭 해야할 필요는 없다. 이 게임의 중심은 3D의 블럭을 캐고 부수고 설치해서 건축하는 것이다. 한 개의 블럭은 특정한 곳에 설치가 가능하고, 돌, 흙, 광석 등 다양한 블럭들이 있다. 마인크래프트 3D 세상에서 자유롭게 살아가는 것이 마인크래프트 게임의 주요 목적이고, 임무이다.

마인크래프트를 처음 시작할 때, 플레이어는 무한한 월드에서 스폰된다. 플레이어는 다양한 지역 평지, 산, 정글, 눈지역 같은 다양한 지역을 탐험할 수 있다. 그리고 이런 지역들은 여러 '바이옴'들로 나뉜다. 정글 바이옴, 사막 바이옴, 평지 바이옴, 숲 바이옴 등이 있다. 마인크래프트에는 시간 시스템이 있는데 낮, 밤이 번갈아 순환된다. 그리고 낮, 밤 이렇게 한번 순환되는데에 약 20분이 걸린다. 이렇게 게임을 하다 보면, 다양한 몹들을 만날 수 있다. 낮에는 공격적이지 않은 몹들인 양, 닭, 돼지, 오셀롯(정글에서만 스폰됨), 늑대(극지방,숲에서 스폰됨) 같은 비공격적인 몹들이 스폰된다. 반면에, 밤이 되면 공격적인 몹들(몬스터라 불린다) 좀비, 스켈레톤, 거미, 엔더맨, 크리퍼 같은 다양한 공격적인 몹들이 스폰된다. 이 공격적인 몹들인 몬스터들 중 중립적인 몹들도 있다. 예를들면 좀비피그맨은 플레이어가 먼저 때리지 않으면 공격하지 않고, 엔더맨은 플레이어가 쳐다보거나 때리지 않으면 공격하지 않는다.

마인크래프트에는 기본적으로 세가지 형식의 월드를 제공한다. 오버월드(일반월드), 네더월드(지옥)와 엔드월드이다. 네더월드는 지옥같이 생긴 지형이다. 포탈을 만들어 오버월드에서 지옥을 가면 더 유익하고 쓸만한 자원들을 모을 수 있다. 엔드월드는 마인크래프트 보스 중 하나인 '엔더드래곤'이 살고 있는 척박한 공중의 섬같은 형태를 띈 월드다. 드래곤을 죽이면 엔딩 크레딧으로 넘어가고, Julian Gough가 작성했다. 그리고 플레이어들은 자신들의 원래 스폰지점(오버월드)으로 텔레포트되고, 새로운 업적 달성과제(The End.)를 클리어하게 된다. 이 게임에게는 4개의 난이도가 있으며, 쉬움, 보통, 어려움 그리고 평화로움으로 나뉜다.

서바이벌 모드

플레이어가 서바이벌 모드에서 플레이할 경우 플레이어가 생존하기 위해선 다양한 자원들을 월드를 돌아다니며 직접 모으고, 수집해야 한다. 난이도에 따라 몬스터는 월드의 빛이 부족한 어두운 장소에 주로 스폰되어, 이는 플레이어들이 집을 지어야 몬스터들로부터 살아남을 수 있다는 것이다. 이 모드는 플레이어에게 체력(HP)이 있으며, 이는 몬스터에게 공격을 받거나, 물에 오랫동안 있어 익사하거나, 벽에 끼거나 배고픔, 불에 타는 등 다양한 이유로 체력이 깎일 수 있다. 플레이어들에겐 또 배고픔이 있는데, 이는 음식을 먹음으로서 회복될 수 있다. 음식은 잔디블럭 위에 많이 모여있는 풀이나 잡초블럭을 캐면 씨앗이 나오고 이 씨앗을 물 주변에 흙들을 굉이로 우클릭으로 갈아서 놓으면 시간이 지나면 자라서 캐서 조합해 먹을 수 있고, 또 다양한 방법으로 음식을 얻을 수 있다. 체력은 배고픔바가 꽉 차 있거나, 난이도가 평화로움이면 자동으로 체력이 채워진다. 마인크래프트에는 다양한 아이템들이 있다. 플레이어들은 갑옷을 만들어 외부의 적으로부터 보호해주고, 전투를 더 쉽게 해준다. 플레이어들은 다양한 아이템들을 만든다. 도구, 무기, 포션, 갑옷 등 생존에 필요한 모든 것들을 만들 수 있다.예를 들면, 도끼, 곡괭이, 삽 같은 경우는 어떠한 특정한 자원들을 더 빨리 캐게 해주기 위해서, 자원을 캐기 위해서 도구를 만든다. 또, 플레이어들은 주민들과 '물물교환'시스템을 통해 주민들과 시장을 열어 주민들과 거래를 할 수도 있다. 에메랄드가 물물교환을 하는데에 있어서 가장 통상적인 화폐이며, 밀, 양털과 같은 다른 물건과도 거래를 한다. 이 게임에는 '인벤토리' 시스템이 있다. 플레이어의 인벤토리는 최대 36개의 아이템을 들고 다닐 수 있다. 만약 플레이어가 죽으면 인벤토리에 있던 아이템이 모두 드롭되며, 플레이어는 지정된 리스폰 지점에서 다시 스폰되게 된다. 리스폰지점은 대체로 월드를 처음 생성해서 스폰되었던 장소이다. 만약 침대에서 잤을 경우, 리스폰지점이 침대 근처로 설정된다. 드롭된 아이템은 자신이 디스폰 된 곳(죽은 곳)에 가면 다시 먹을 수 있다. 플레이어들은 서로 죽이거나 몹 또는 몬스터들을 죽이거나, 몹을 번식시키거나 음식을 굽거나, 특정 광물을 캐거나 화로에 구워 주괴로 만들면 '경험치'가 얻어진다. 경험치는 무기를 강화하거나, 도구를 강화(인챈트)를 할 때 쓰인다. 인챈트(강화)된 아이템은 대체로 기존보다 더 강해지거나, 내구도가 오래가거나, 여러가지 효과(예: 몹을 때리면 그 몹이 불에 붙는것, 몹을 때리면 그 몹이 밀려나는 것)들이 있다. 플레이어들은 또한 '하드코어 모드' 를 플레이 할 수 있는데, 이 모드는 난이도를 바꾸어도 기본적으로 '어려움' 난이도로 설정이 되어 몬스터들이 기존보다 더욱 체력이 강하고 공격력이 세다. 만약 플레이어가 죽으면 다시 리스폰 할 수 없고, 그 월드는 무조건 삭제된다.

크리에이티브 모드

크리에이티브 모드에서는, 인벤토리에서 마인크래프트에 존재하는 거의 모든 재료(아이템)들을 모두 얻을 수 있다. 그리고, 블럭들을 특별한 도구 없이도 즉시 부술 수 있다(단, 1.6이상의 버전에서는 칼로 블럭을 부술수 없다.).[32] 플레이어들은 몹이나 몬스터에 의하여 공격당해서 체력이 깎이는 일이 없고, 배고픔의 영향도 받지 않는다. 이 게임모드는 플레이어들에게 거대한 건축을 할때 도움을 준다.[32] 추가로 점프(SPACE) 버튼을 두 번 연속으로 누르면 날아져서 공중에서 작업할 수 있다.

어드벤처 모드

어드벤쳐 모드는 마인크래프트 1.3 버전에 추가 되었고, 이 모드는 원래 있던 월드(세이브파일)를 다른 사람이 가져와 플레이할 때 주로 쓰이도록 하는 목적에서 만들어진 게임모드이다. 게임플레이는 서바이벌과 비슷하나 어떤 특정한 블럭을 지정된 도구로 부수지 않으면 그 블럭은 부숴지지 않는다. 그래서 이 게임모드는 지정된 도구를 주어 특정한 블럭들만 부수게 하여 지정된 맵을 제작자의 의도에 따라 플레이 할 수 있는 것이다. 또다른 추가점은 '커맨드 블럭'이다. 이 블럭은 OP(서버 관리자)만 블럭을 우클릭하여 특정 커맨드를 지정할 수 있고, 이 블럭 근처에 발판 등 레드스톤 파워를 주면 특정 커맨드가 입력되어 실행하게 된다. 이를 이용해 맵을 재밌게 플레이 할 수 있다.